La Universidad adopta como base de su organización académica la estructura departamental con el objeto de proporcionar orientación sistemática a las actividades docentes y de investigación, mediante el agrupamiento de las disciplinas afines y la comunicación entre docentes y estudiantes de distintas carreras.
Los Departamentos son unidades académicas responsables del diseño, la planificación y la ejecución de la docencia, la investigación, el desarrollo, la transferencia y la extensión.
La autoridad máxima de cada Departamento es su Consejo Departamental. Cada Departamento es dirigido por un Director, quien preside las sesiones del Consejo Departamental respectivo.
La Universidad Nacional de Quilmes está constituida por tres Departamentos:
- Departamento de Ciencias Sociales
- Departamento de Ciencia y Tecnología
- Departamento de Economía y Administración
Escuelas Universitarias
Las Escuelas Universitarias son unidades académicas de menor escala a los Departamentos, con especificidad disciplinar y responsables del diseño, la planificación y la ejecución de la docencia, la investigación, el desarrollo, la transferencia y la extensión.
- Escuela Universitaria de Artes